El último KOF significó la aparición de un nuevo enemigo tratando de romper la paz en el mundo. Sin embargo aun había muchas dudas sobre el cartel NEST.
Ahora que todos sabían sobre las crueles intenciones del Cartel NEST se dudaba de que alguien se atreviera a participar de nuevo y colaborar con la caída del mundo. Sin embargo mientras el cartel NEST continuara sin castigo, la amenaza de dominación mundial no estaba tan lejos.
Ling le informo a Heidern sobre un plan para sacar al Cartel NEST de su escondite. El plan consistía en que el torneo KOF se realizaría de nuevo, en el año 2000. Esta vez Ling y sus agentes controlarían todo lo que sucedería en el torneo y rastrearían a cualquier sospechoso. El objetivo principal del torneo era atraer a los antiguos miembros de NEST K’ y Máxima. El plan fue aceptado por Heidern.
Las invitaciones son enviadas nuevamente a los peleadores mas poderosos del mundo para que ellos formen sus equipos de cuatro miembros cada uno. El que NEST no estuviera tras de este torneo calmó a los participantes. Con las mismas reglas del torneo anterior se formaron los equipos.
Una vez mas las batallas se dan en un clima de duda y peligro. Durante las batallas del torneo estas preocupaciones desaparecieron fácilmente , ya que el sentimiento de pelear y probar las habilidades contra un oponente fuerte. K’ y su equipo se encontraban en el muelle de Southown, de pronto una fría brisa empezó a correr y K’ sintió que algo andaba mal y alejo a Máxima y a sus amigos. Mientras tanto K’ estaba en una tormenta de nieve, este sonrió con desprecio y se preparo ajustándose sus guantes para recibir a su siguiente oponente, una linda joven con largo cabello azul y ojos algo distraídos. Usaba un traje muy similar al de K’ y unos guantes iguales. La figura se presento como Kula y empezó la pelea entre los elementos rivales hielo y fuego. Al mismo tiempo Heidern intenta contactar con Ralf pero este se encontraba fuera del area designada lo que preocupa a Heidern ya que sus soldados ya están allí y necesitan toda la ayuda posible. Ling interrumpe y dise: “eso ya no será problema”. Heidern demanda una explicación y Ling sugiere que los soldados ubicados alrededor de una fabrica encienden el elevador y luego que activen el generador del subterráneo. Heidern tiene aun mas dudas, Ling continua: “de este modo, podemos activar el cañon Zero” Heidern recuerda el nombre de un satelite que ha sido lanzado para detectar y destruir el escondite de NEST hecho por Ling antes de la misión. Heidern le recuerda a Ling que su único propósito es capturar a K’ y Máxima e investigar al cartel NEST, cuando Heidern se va a quejar es inmovilizado por un grupo de soldados de Ling.
Resulta ser que Zero es un miembro de NEST que tomó el lugar de Ling eliminándolo y usando sus habilidades de clonación para tomar su imagen. Zero también es responsable de la muerte de Krizalid el año anterior. En consecuencia se revela que Seth y Vanessa también son agentes de NEST bajo las ordenes de Zero. Sin embargo ellos fueron embaucados para traer a los peleadores mas fuertes del último KOF. Esto hace que Seth y Vanessa se pongan en contra de Zero por haberlos utilizado. Pero Seth y Vanessa le deben algo a Zero y es que han sido implantados con el poder de pelea Zero y el ADN. No satisfecho con engañar a los peleadores para sus ambiciones personales Zero tiene algo extra para los luchadores. Pretende pelear contra ellos para generar suficiente energía y activar el cañón Zero. Esto se logra a través del generador subterráneo que absorbe la energía liberada en el combate. Acto seguido Zero activa y dispara el cañon Zero destruyendo media ciudad de southown, para luego retirarse y enfrentar al equipo finalista de K'. K’ cansado por la batalla contra Kula se dirige hacia donde Zero a quien rápidamente derrota pero no a su voluntad pues en un acto heroico Maxima se levante y atrapa a Zero, permitienole a K' utilizar su heat driver consiguiendo la derrota del poderoso Zero quien agonisante intenta usar el cañon contra sus enemigos, pero el arma no se activa Kula había programado el cañon para que no reciviera las órdenes del control de Zero, entonces se presentan 2 chicas misteriosas disiendole que pagara cara su traición a NESTS. Kula dispara el cañon directo a Zero y así logran derrotarlo, a su vez este emana demasiado poder destructivo pero Bao absorbe dicha fuerza y es tanta que está a punto de morir por lo que Kensou le besa para absorber parte de la carga energética y salvarle la vida. En tanto Kula destruye el cañon zero y cae a la atmósfera, pero es salvada por una chica robot llamada Candy quien se sacrifica por ella. Poco antes de morir Zero le entrega a Whip un disco con toda la información de su pasado a la vez que alguien la llama Muchiko, luego se retira junto a K' y Maxima. Mientras en los escombros el equipo de Benimaru se encuemtra a Ron quien dise haber dejado el clan Hizuko para aliarse con NESTS, ofreciendole a Lin seguirle, pero ante su negativa intenta matarlo, sin embargo Benimaru le salva la vida en tanto Ron desaparese. Todos los participantes logran sobrevivir al ataque.